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スタートアップ企業におすすめの補助金一覧。申請するメリットや自治体の補助制度も紹介

2025/8/31


 
新しいビジネスモデルやこれまでにない製品を開発するスタートアップ企業にとって、資金確保は重要な課題のひとつです。
革新的なアイデアを形にするためには、多くの資金が必要になるでしょう。そんなスタートアップ企業にとって公的に資金補助を受けられる補助金制度は、問題解決の一助となります。

この記事では、スタートアップ企業におすすめの補助金制度を紹介します。合わせて、東京、愛知、大阪の地方自治体が行っている補助金制度についても紹介しているので、参考にしてみてください。

 

スタートアップ企業こそ補助金の活用がおすすめ

スタートアップ企業による革新的なビジネスモデルは時に社会構造に変化を与えることもあるものです。革新的なイノベーションと急速な事業成長を実現するには、緻密に計算された経営戦略が必要でしょう。

スタートアップ企業のなかには短期間で数千億円の企業価値を築くケースも多々みられ、そこには革新的なアイデアを現実のものとする資金確保が欠かせません。

小さな投資で大きな成果が得られるに越したことはないですが、多くの場合革新的な変革には大きな投資が求められます。そこで、スタートアップ企業にこそおすすめなのが公的に資金援助を受けられる補助金制度です。

補助金制度で資金面の問題をクリアすることで、革新的なアイデアやビジネスモデルなどを現実のものにしやすくなるでしょう。
 

補助金とは

補助金とは、国や自治体など公的期間が実施している金銭の支給制度です。公共の利益となる事業に対して補助金を支給し、特定産業の育成など一定の行政目的を達成するために行われています。補助金は基本的に返済不要です。

公募によって採択されるため、非常に競争率は高い傾向があります。一方で、補助金額は多いものでは数億円に上るなど、資金調達に悩む企業にとっては経営の大きな助けとなるでしょう。
 

補助金と助成金の違い

補助金とよく似た制度に助成金制度があります。助成金も補助金と同じく公共の利益となる事業や経営の取り組みに対して資金を支給する制度です。ただし、実施している機関が異なり代表的なものであれば、雇用関係に関する助成金の多くは厚生労働省が行っています。

補助金と違う点は、要件を満たせば原則として資金が支給される点です。補助金のように公募制ではないため、補助金を受けるハードルは比較的低いと言えるでしょう。その分、一度に助成を受けられる金額は補助金に比べると低い傾向にあります。

助成金も補助金と同じく、返済の必要がありません。
 

スタートアップ企業に補助金をすすめる2つの理由

スタートアップ企業に補助金をすすめるのには、2つの理由があります。続いては、スタートアップ企業が補助金制度を利用した方がよい理由を解説します。
 

1.補助金により経費の負担が軽くなる

補助金では、システム開発や設備の導入など、さまざまな経費に対して補助を受けられます。基本的には後払い制となるため、一度資金調達をする必要はあるものの、資金面での負担は各段に軽くなるでしょう。

特に、スタートアップ企業のような革新的なサービスの提供を経営戦略に取り入れている場合、設備面でさまざまな負担が発生することも珍しくありません。公募のハードルは高いものの、補助金を受けられればこれらの大きな負担を軽減できるため、今後の経営や事業展開にも良い影響を与えやすいと考えられます。
 

2.補助金の採択実績を持てる

補助金の多くは政府や地方自治体などから出されています。そのため、公的な機関の公募で採択を受けたという実績はそれだけで社会的信用に繋がるでしょう。

特にスタートアップ企業のようなイノベーションを重視した会社や起業したての場合は、実績ができるまで社会的信用が薄く融資なども受けにくい傾向にあります。そこで、補助金の採択実績を持てば、資金面での問題をクリアできるだけでなく、社会的信用を獲得できる可能性が高いのです。
 

【2025年最新】スタートアップ企業におすすめの補助金

ここからは、スタートアップ企業におすすめの補助金を紹介します。

補助金にはさまざまな種類があるため、自社に合った補助金制度を探すのは簡単ではありません。どのような補助金制度を選べばよいのか悩む際には、以下の補助金制度をチェックしてみてはいかがでしょうか。
 

ものづくり補助金

ものづくり補助金は、中小企業庁が行っている補助金制度です。生産性向上に繋がる革新的な新製品や新サービスの開発、または海外需要開拓を行う事業の設備投資費用の一部に対して補助を受けられます。

スタートアップ企業の場合、ものづくり補助金の対象となる事業に取り組んでいるケースも多いでしょう。

ものづくり補助金は、「製品・サービス高付加価値化枠」と「グローバル枠」がありますが、本記事では製品・サービス高負荷価値化枠について詳しく紹介します。

補助上限額は従業員数によって異なり、5人以下の場合最大750万円、6~20人の場合最大1,000万円、21~50人の場合最大1,500万円、51人以上の場合最大2,500万円です。補助率は、中小企業の場合1/2、小規模企業・上規模事業者および再生事業者の場合2/3に定められています。

補助対象となる経費は、機械装置、システム構築費、技術導入費、専門家経費、運搬費、クラウドサービス利用費、原材料費、外注費、知的財産権等関連費など幅が広いため、非常に利用しやすい補助金として人気です。

21次公募は、申請締め切りが令和7年10月24日(金)17時です。申請を検討している方は、期限について十分注意しましょう。
 

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、中小企業庁が行っている補助金制度です。地域の雇用や地域産業の生産性向上や持続的発展を目的としており、持続的経営に向けた経営計画・販路開拓等の取り組みを支援しています。

小規模事業者持続化補助金では、「通常枠」「災害支援枠」「創業枠」「共同協業枠」「ビジネスコミュニティ枠」があり、スタートアップ企業には「通常枠」もしくは「創業枠」がおすすめです。
 

◾️通常枠

通常枠では、小規模事業者等が経営計画を自ら策定し、商工会、商工会議所の支援を受けながら取り組む販路開拓を支援します。補助上限額は50万円(特例の場合は最大250万円)、補助率は2/3です。対象となる経費は、機械装置等費、広報費、ウェブサイト関連費、展示会出展費、旅費、新商品開発費、借料、委託・外注費などが含まれます。

申請受付締切は令和7年11月28日です。
 

◾️創業枠

創業枠では、創業後3年以内の小規模事業者等を対象としており、通常枠と同じく経営計画を自ら策定し、商工会、商工会議所の支援を受けながら取り組む販路開拓等を支援することを目的としています。補助上限額は200万円(特例の場合は最大250万円)補助率は2/3です。
対象となる経費は通常枠と同じですが、創業後3年以内の事業者であれば、創業枠を利用する方がよいでしょう。

第2回公募の受付締切は令和7年11月28日です。
 

新事業進出補助金

新事業進出補助金は中小企業庁が行っている補助金制度です。新事業進出補助金では、新市場・高付加価値事業への進出を後押しすることで、中小企業等の企業規模拡大、付加価値向上を通じた生産性向上および賃上げを実現することを目的としています。

補助金額は、従業員20人以下の場合最大2,500万円、21~50人の場合最大4,000万円、51~100人の場合最大5,500万円、101人以上の場合最大7,000万円です。補助率は1/2で、補助対象経費は、機械装置・システム構築費、建物費、運搬費、技術導入費、知的財産権等関連経費、外注費、専門家経費、クラウドサービス利用費、広告宣伝・販売促進費が含まれます。

令和7年度より新しくできた補助金制度で、残念ながら第1回公募はすでに受付を締め切っています。来年度の公募申し込みを検討する人は、こまめに情報をチェックしてみてください。
 

地方自治体によるおすすめの補助金一覧

事業所のある自治体でも、補助金制度を実施していることがあります。なかには、自治体で行っている補助金を受けるために、起業の際、事業所の場所を決めるケースも少なくありません。
 

東京

東京では多くの自治体で補助金制度を行っています。今回は、港区と江東区で行っている補助金制度を紹介します。
 

◾️創業・スタートアップ支援事業補助金

東京都港区の自治体が行っている創業・スタートアップ支援事業補助金は、その名の通り創業まもない企業を対象とした補助金です。区内での事業成長を目的としており、賃借料、設備費、広報費、ホームページ作成費等の一部に対して補助が受けられます。

補助金額は最大250万円、補助率は2/3です。募集枠が75社程度に限定されていますが、申請期間が令和8年1月16日まであるので、興味のある方は検討してみてください。
 

◾️ホームページ作成費補助

東京都江東区の自治体が行っているホームページ作成費補助は、区内の中小企業団体がPRや販路拡大のため、初めてホームページを開設する場合の費用の一部を補助するものです。あくまで初めてホームページを開設する場合のみ対象となる点に注意しましょう。

補助金額は最大10万円、補助率は1/2です。
 

愛知県

産業の発展が著しい愛知県でもさまざまな補助金制度があります。今回は、愛知県が主体となっているものと、名古屋市が主体となって行っているものの2つを紹介します。
 

◾️あいちスタートアップ創業支援事業補助金

あいちスタートアップ創業支援事業補助金は、愛知県内において、新しい技術等の活用によって地域課題の解決を目指し、新市場の開拓・高成長を目指す事業分野で企業、事業継承または第二創業する人を対象に行っている補助金制度です。

補助金額は最大200万円、補助率は1/2です。補助対象者が支出する人件費、店舗等借料、設備費、原材料費、知的財産権等関連経費、謝金、旅費、マーケティング調査費、広報費、外注費、委託費などが補助対象となります。

すでに令和7年度の申請受付は終了していますが、来年度の申請を検討している人はこまめに情報をチェックしてください。
 

◾️名古屋市スタートアップ企業支援補助金

名古屋市スタートアップ企業支援補助金は、名古屋市に本社を置く事業所において、成長が見込まれる企業の創出を促すことを目的としている補助金制度です。

補助金額は最大100万円、補助率は3/1です。

年々、応募件数が増えている人気の補助金制度です。令和7年度は第1期、第2期ともに申請受付が終了しています。来年度の申請を検討している人は、名古屋市のホームページをチェックしてみてください。
 

大阪

東京に次ぐ大都市として知られる大阪でも、さまざまな自治体で補助金制度があります。今回は、四条畷市と寝屋川市で行っている補助金制度を紹介します。
 

◾️なわて事業者チャレンジ補助金

大阪府四条畷市が行っているなわて事業者チャレンジ補助金は、自立的な経営環境の構築を促進し、地域経済の好循環を創出することを目的としている補助金制度です。
「設備導入支援補助金」「創業支援補助金」「企業価値向上支援補助金」「事業計画策定支援補助金」に分類されており、それぞれに補助金額や補助率が異なります。

令和7年9月1日より申請受付が開始されるため、該当地域の事業者の方はチェックしてみてください。
 

◾️創業・商店街等出店応援事業補助金

大阪府寝屋川市が行っている創業・商店街等出店応援事業補助金は、新規創業者や商店街への出店希望者を支援する目的で行っている補助金制度です。補助金額が最大20万円、補助率2/1の通常型以外にも、補助金額最大50万円、補助率1/2の空き物件活用枠、移住枠、若者枠などがあり、大きく注目を集めています。
 

補助金でスタートアップ企業の成長を加速させよう

躍進的な成長を望むスタートアップ企業において、補助金は資金面での問題をクリアするための重要な制度です。上手に活用することで、企業成長を加速させることや社会的信用を得ることもできるでしょう。

ただし、補助金の公募は非常にハードルが高く、素人が簡単に採択を得られるものではありません。補助金公募に対するノウハウを持ち、適切な事業計画をもって申請できる専門家の力を借りるのがおすすめです。

ナンバーワン税理士法人では、これまでに多くのスタートアップ企業様の補助金公募申請をお手伝いし、多くの採択を獲得してきました。企業の強みをアピールし、適切な事業計画と経費処理によって、補助金を有効活用できるようお手伝いいたします。補助金の公募申請をご検討中のスタートアップ企業様は、ぜひお気軽にご相談ください。

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